native processを使うには、airではダメなのようで、ネイティブインストーラーにしないといけない。

application.xmlに
desktop extendedDesktop
を追加

Packager.bat
6行目の拡張子を.exe
set OUTPUT=%AIR_PATH%\%AIR_NAME%%AIR_TARGET%.exe

11行目に -target nativeのオプション追加
call adt -package %OPTIONS% %SIGNING_OPTIONS% -target native %OUTPUT% %APP_XML% %FILE_OR_DIR%