それぞれのドメインのapacheのconfは、
/var/www/vhosts/DOMAIN_NAME/conf

に、あるっぽい。そのなかのhttpd.includeは編集してはならず、
vhost.conf
vhost_ssl.conf
を作成してそこに書く必要がある

それだけではだめで、pleskに認識させる必要があるので下記コマンド

/usr/local/psa/admin/sbin/httpdmng –reconfigure-domain DOMAIN_NAME

/usr/local/psa/admin/sbin/httpdmng –reconfigure-all

今回は、fcgiのmaxRequestLen

FcgidMaxRequestLen 60485760